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ディアベルの《とある計画》とは、一層攻略戦のレイドバトルであった。しかし参加条件は《四人パーティー》。一行は、攻略会議で出会ったザッシュを加え、一層ボスの待つ《迷宮区》へと向かう。

不意に送られてきたサーユのメッセージに応じ一度《はじまりの街》に戻った一行は、出遅れながらも《迷宮区》に挑む。

突然、主人公とイオリの胸にブローチが現れ、謎のクエスト《救世の剣士》を受注する。その時、再び届いたサーユからのメッセージでクラークの死を知る一行。錯乱し姿を消したサーユを探し、北東の丘陵地帯へ向かう。

度重なる仲間の不幸を乗り越え、クエストを続ける決心をする主人公、イオリ、ザッシュ。三人は、《救世の剣士》の情報を求めて、同じベータテスターのキリトを追い、二層を目指す。

無事二層に到達した三人は、二層の主街区《ウルバス》を目指す。

気づくと、主人公は暗闇の中にいた。なんとかして、ここから抜け出さねばならない。

ウルバスでアスナに再会した一行は、彼女からキリトの居場所を聞き出す。どうやら《トレンブリング・オックス》を狩っているらしいキリトを探し、《東の荒野》へと向かう。

《トレンブリング・オックス》は見つけたが、そこにキリトはいなかった。その場で出くわしたエギルの情報に従い、一行はキリトが向かった荒野へと向かう。

キリトから情報が得られず途方に暮れる一行。そこにベータテスターと名乗り、同じ《ブローチ》を持つスティーナが現れる。一行は《救世の剣士》攻略の協力を求める彼女と共に、《ハイエルフの遺跡》を探す。

スティーナの言う通り、確かに《ハイエルフの遺跡》と思われるダンジョンはあった。一行は遺跡攻略へと挑む。

次の攻略対象である二番目の《聖域》の場所が判明した。一行は出会った少女・リズベットの案内で、《聖域》近くの街《マロメ》へと向かう。

《マロメ》に着くと同時に、うさんくさい中年プレイヤー・ムソウにデュエルを挑まれる一行。デュエルに勝ったムソウが強引にパーティーに加わり、共に次の《聖域》を目指すことになる。

《伝説の武器》が示した通りの場所に《聖域》はあった。一行は再び《聖域》攻略に挑む。

《伝説の武器》はさらに次の《聖域》を示した。誤解が解け、正式に仲間に加わったムソウの提案により、一行は第三の《聖域》近くの街、《タラン》を目指す。

無事《タラン》に着いた一行の前にアルゴが現れる。アルゴの話だと、どうやら今、SAOでアイドル活動をしているプレイヤー・ララが行方不明になっているらしい。一行はアルゴの依頼を受け、ララの行方を探す。

ララが逃げ込んだと思われる洞窟を見つけたイオリと主人公。一行はララを探し、洞窟へと踏み入る。

カルかもしれないプレイヤーと会ったと話すララ。一行はカルの協力を得るため、出会った少女・シリカの案内で、件のプレイヤーが向かったと思われる遺跡を目指す。

カルと思われるプレイヤーが向かった遺跡、そこは紛れもなく《聖域》であった。一行は第三の《聖域》に挑む。